جلد 41، شماره 3 - ( 7-1396 )                   جلد 41 شماره 3 صفحات 199-209 | برگشت به فهرست نسخه ها


XML English Abstract Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Saberi M, Minuchehr Z, Shahlaei M, Kheitan S. An In silico method to identify key proteins involved in the development of gastric cancer. Research in Medicine. 2017; 41 (3) :199-209
URL: http://pejouhesh.sbmu.ac.ir/article-1-1533-fa.html
صابری محمد، مینوچهر زرین، شهلایی محسن، خیطان سمیرا. شناسایی پروتئین‌های کلیدی درگیر در بروز سرطان معده به روش In silico. پژوهش در پزشکی. 1396; 41 (3) :199-209

URL: http://pejouhesh.sbmu.ac.ir/article-1-1533-fa.html


استادیار ، minuchehr@nigeb.ac.ir
چکیده:   (178 مشاهده)

مقدمه: سرطان معده اولین عامل مرگ میر ناشی از سرطان در ایران است. مطالعات بسیاری در خصوص یافتن پروتئینهای تأثیرگذار به­جهت اهمیت بر روی سرطان معده صورت گرفته است . با استفاده از پروتئین‌های شناسایی‌شده در خصوص سرطان معده و ابزارهای محاسباتی طراحیشده برای مطالعه شبکه‌های پیچیده، می‌توان راهی ارزان و منطقی برای شناسایی کاندیدهای پروتئینی درگیر در این بیماری معرفی نمود.

روش بررسی: در این مطالعه که به روش تحلیلی با نگرش کمی انجام‌شده است، به منظور بررسی شبکه میانکنشی پروتئین های شناسایی شده درگیر در سرطان معده، ابتدا پروتئینها از مقالات استخراج شدند سپس با استفاده از نرمافزار Cytoscape و افزونه MiMI در پایگاه داده‌های میان کنشی پروتئینها مورد جستجو قرار گرفتند و شبکه میان کنشی رسم شد. با استفاده از افزونه Centiscape شاخصهای مرکزی (Degree, Stress, Betweenness, Closeness,) موردبررسی قرار گرفتند و گره‌های کلیدیتر شناسایی شدند. پس از افزودن دادههای بیانی نیز مجدد این محاسبات صورت پذیرفت.

یافته‌ها: از مقالات، فهرستی مشتمل بر 72 پروتئین استخراج شد و به کمک آنها شبکهای متشکل از 1673 گره ایجاد گردید. ارتباطات عمل کردی بین گره‌های موجود در زیر شبکهها موردبررسی قرار گرفت و مشخص شد که اکثر پروتئینها در فرایندهای تنظیمی دخیل هستند نتیجه بررسی شاخصهای مرکزی در این شبکه نشان داد که HNF4A و TAF1 به دلیل داشتن میان کنش‌های زیاد و ایجاد ارتباط بین بخش‌های مختلف شبکه به‌عنوان گره‌های کلیدی در شبکه میان کنشی پروتئینهای درگیر در بروز سرطان معده هستند.

نتیجهگیری: از پروتئینهای معرفیشده در این مطالعه میتوان بهعنوان مارکرهای تشخیصی و اهداف درمانی در سرطان معده استفاده نمود. از طرفی از روند ارائهشده در این مطالعه میتوان در شناسایی اهداف کلیدی در سایر بیماریهای پیچیده نیز استفاده نمود.

متن کامل [PDF 872 kb]   (46 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشی | موضوع مقاله: گوارش و کبد
دریافت: ۱۳۹۴/۱۰/۲۷ | پذیرش: ۱۳۹۶/۳/۲۲ | انتشار: ۱۳۹۶/۸/۲۹

ارسال پیام به نویسنده مسئول


Creative Commons License
This Journal is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License | Research in Medicine

Designed & Developed by : Yektaweb