fa شناسایی پروتئین‌های کلیدی درگیر در بروز سرطان معده به روش In silico پژوهشی Original <p dir="RTL" style="margin: 0px 0px 11px; text-align: justify; line-height: 150%; unicode-bidi: embed; direction: rtl;"><b><span b="" font-size:="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: ">مقدمه</span></b><span b="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: ">:</span><span b="" font-size:="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: "> سرطان معده اولین عامل مرگ میر ناشی از سرطان در ایران است. مطالعات بسیاری در خصوص یافتن پروتئین</span><span dir="LTR" style="margin: 0px;">‌</span><span b="" font-size:="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: ">های تأثیرگذار به&shy;جهت اهمیت بر روی سرطان معده صورت گرفته است . با استفاده از پروتئین‌های شناسایی‌شده در خصوص سرطان معده و ابزارهای محاسباتی طراحی</span><span dir="LTR" style="margin: 0px;">‌</span><span b="" font-size:="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: ">شده برای مطالعه شبکه‌های پیچیده، می‌توان راهی ارزان و منطقی برای شناسایی کاندیدهای پروتئینی درگیر در این بیماری معرفی نمود.</span></p> <p dir="RTL" style="margin: 0px 0px 11px; text-align: justify; line-height: 150%; unicode-bidi: embed; direction: rtl;"><b><span b="" font-size:="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: ">روش بررسی</span></b><span b="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: ">:</span><span b="" font-size:="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: "> در این مطالعه که به روش تحلیلی با نگرش کمی انجام‌شده است، به منظور بررسی شبکه میانکنشی پروتئین های شناسایی شده درگیر در سرطان معده، ابتدا پروتئین</span><span dir="LTR" style="margin: 0px;">‌</span><span b="" font-size:="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: ">ها از مقالات استخراج شدند سپس با استفاده از نرم</span><span dir="LTR" style="margin: 0px;">‌</span><span b="" font-size:="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: ">افزار </span><span dir="LTR" style="margin: 0px;">Cytoscape</span><span b="" font-size:="" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: "> <span lang="FA" style="margin: 0px;">و افزونه </span></span><span dir="LTR" style="margin: 0px;">MiMI</span><span b="" font-size:="" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: "> <span lang="FA" style="margin: 0px;">در پایگاه داده‌های میان کنشی پروتئین</span></span><span dir="LTR" style="margin: 0px;">‌</span><span b="" font-size:="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: ">ها مورد جستجو قرار گرفتند و شبکه میان کنشی رسم شد. با استفاده از افزونه </span><span dir="LTR" style="margin: 0px;">Centiscape</span><span b="" font-size:="" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: "> <span lang="FA" style="margin: 0px;">شاخص</span></span><span dir="LTR" style="margin: 0px;">‌</span><span b="" font-size:="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: ">های مرکزی (</span><span dir="LTR" style="margin: 0px;">Degree, Stress, Betweenness, Closeness,</span><span style="margin: 0px;"><span lang="AR-SA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-size: 8pt;">)</span></span><span b="" font-size:="" lang="AR-SA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: "> </span><span b="" font-size:="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: ">موردبررسی قرار گرفتند و گره‌های کلیدی</span><span dir="LTR" style="margin: 0px;">‌</span><span b="" font-size:="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: ">تر شناسایی شدند. پس از افزودن داده</span><span dir="LTR" style="margin: 0px;">‌</span><span b="" font-size:="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: ">های بیانی نیز مجدد این محاسبات صورت پذیرفت.</span></p> <p dir="RTL" style="margin: 0px 0px 11px; text-align: justify; line-height: 150%; unicode-bidi: embed; direction: rtl;"><b><span b="" font-size:="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: ">یافته‌ها</span></b><span b="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: ">:</span><span b="" font-size:="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: "> از مقالات، فهرستی مشتمل بر 72 پروتئین استخراج شد و به کمک آن</span><span dir="LTR" style="margin: 0px;">‌</span><span b="" font-size:="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: ">ها شبکه</span><span dir="LTR" style="margin: 0px;">‌</span><span b="" font-size:="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: ">ای متشکل از 1673 گره ایجاد گردید. ارتباطات عمل کردی بین گره‌های موجود در زیر شبکه</span><span dir="LTR" style="margin: 0px;">‌</span><span b="" font-size:="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: ">ها موردبررسی قرار گرفت و مشخص شد که اکثر پروتئین</span><span dir="LTR" style="margin: 0px;">‌</span><span b="" font-size:="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: ">ها در فرایندهای تنظیمی دخیل هستند نتیجه بررسی شاخص</span><span dir="LTR" style="margin: 0px;">‌</span><span b="" font-size:="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: ">های مرکزی در این شبکه نشان داد که </span><span dir="LTR" style="margin: 0px;">HNF4A</span><span b="" font-size:="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: "> و </span><span dir="LTR" style="margin: 0px;">TAF1</span><span b="" font-size:="" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: "> <span lang="FA" style="margin: 0px;">به دلیل داشتن میان کنش‌های زیاد و ایجاد ارتباط بین بخش‌های مختلف شبکه به‌عنوان گره‌های کلیدی در شبکه میان کنشی پروتئین</span></span><span dir="LTR" style="margin: 0px;">‌</span><span b="" font-size:="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: ">های درگیر در بروز سرطان معده هستند.</span></p> <p dir="RTL" style="margin: 0px 0px 11px; text-align: justify; line-height: 150%; unicode-bidi: embed; direction: rtl;"><b><span b="" font-size:="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: ">نتیجه</span></b><b><span dir="LTR" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-size: 14pt;">‌</span></b><b><span b="" font-size:="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: ">گیری</span></b><span b="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: ">:</span><span b="" font-size:="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: "> از پروتئین</span><span dir="LTR" style="margin: 0px;">‌</span><span b="" font-size:="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: ">های معرفی</span><span dir="LTR" style="margin: 0px;">‌</span><span b="" font-size:="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: ">شده در این مطالعه می</span><span dir="LTR" style="margin: 0px;">‌</span><span b="" font-size:="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: ">توان به</span><span dir="LTR" style="margin: 0px;">‌</span><span b="" font-size:="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: ">عنوان مارکرهای تشخیصی و اهداف درمانی در سرطان معده استفاده نمود. از طرفی از روند ارائه</span><span dir="LTR" style="margin: 0px;">‌</span><span b="" font-size:="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: ">شده در این مطالعه می</span><span dir="LTR" style="margin: 0px;">‌</span><span b="" font-size:="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: ">توان در شناسایی اهداف کلیدی در سایر بیماری</span><span dir="LTR" style="margin: 0px;">‌</span><span b="" font-size:="" lang="FA" style="margin: 0px; line-height: 150%; font-family: ">های پیچیده نیز استفاده نمود.</span></p> <p></p> <p style="margin: 0px 0px 11px; text-align: justify; line-height: 150%;"><b><span style="margin: 0px;"><font color="#000000" face="Times New Roman" size="3">Background</font></span></b><span style="margin: 0px;"><font color="#000000" face="Times New Roman" size="3">: Gastric cancer is the first most common cancer death in Iran. There have been many efforts in finding the most effective proteins in this cancer. Using the proteins identified in gastric cancer combined with advanced computational tools in analyzing biological networks, we have developed a rational method in order to identify candidate proteins associated with this cancer.</font></span></p> <p style="margin: 0px 0px 11px; text-align: justify; line-height: 150%;"><b><span style="margin: 0px;"><font color="#000000" face="Times New Roman" size="3">Materials and Methods</font></span></b><span style="margin: 0px;"><font color="#000000" face="Times New Roman" size="3">: In this study, The analytical procedure is performed with quantitative view. At the beginning we extracted the available studied proteins using a comprehensive literature search, Important proteins in gastric cancer were extracted from the available scientific articles, then the protein interaction databases were searched using Cytoscape MiMI plugin in order to draw the interaction network. Using the Centiscape plugin more key nodes were identified and the Degree, Stress, Betweenness and Closeness were examined. We next added the available expression data and recalculated the parameters.</font></span></p> <p style="margin: 0px 0px 11px; text-align: justify; line-height: 150%;"><b><span style="margin: 0px;"><font color="#000000" face="Times New Roman" size="3">Result</font></span></b><span style="margin: 0px;"><font color="#000000" face="Times New Roman" size="3">: Our beginning list was 72 known proteins involved in gastric cancer, after creating a comprehensive network using the earlier mentioned tools and databases a network with 1673 nodes was created. Examining the GO term using the BINGO plugin most of the proteins were involved in the regulatory processes (65007, 50789, and 50794). Results in the network core index showed that HNF4A and TAF1 were the major key proteins in the protein interaction network which can be greatly involved in the development of gastric cancer.</font></span></p> <p style="margin: 0px 0px 11px; text-align: justify; line-height: 150%;"><b><span style="margin: 0px;"><font color="#000000" face="Times New Roman" size="3">Conclusion</font></span></b><span style="margin: 0px;"><font color="#000000" face="Times New Roman" size="3">: The proteins identified in this study can be used as diagnostic markers and therapeutic targets used in gastric cancer. The process presented in this study can be used to identify key targets in other diseases as well.</font></span></p> <p></p> سرطان معده, زیست شناسی سامانه ای, شبکه های زیستی, میان کنش پروتئین-پروتئین Stomach Neoplasm, Systems Biology, Biological Networks, Protein-Protein Interaction 199 209 http://pejouhesh.sbmu.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-2443-1&slc_lang=fa&sid=1 Mohammad Saberi محمد صابری mohammad_sa@nigeb.ac.ir 100319475328460012985 100319475328460012985 No Zarrin Minuchehr زرین مینوچهر minuchehr@nigeb.ac.ir 100319475328460012986 100319475328460012986 Yes Mohsen Shahlaei محسن شهلایی mohsenshahlaei@yahoo.com 100319475328460012987 100319475328460012987 No Samira Kheitan سمیرا خیطان s.kheitan@gmail.com 100319475328460012988 100319475328460012988 No