fa طراحی و راه اندازی روش TaqMan Real-time PCR جهت تشخیص و تعیین کمی ویروس نقص ایمنی اکتسابی نوع1 (HIV-1) پژوهشی Original سابقه وهدف: ویروس نقص ایمنی انسانی نوع 1 ( HIV-1 ) یکی از مهمترین عوامل عفونی منتقل شده از طریق خون است که یک معضل جهانی محسوب<br> می شود، بنابراین تشخیص صحیح، دقیق و حساس این ویروس از اهمیت بسیاری برخوردار است. هدف از این مطالعه، طراحی یک روش حساس بر پایه<br> Real-time PCR TaqMan برای تشخیص HIV-1 می باشد.<br> مواد و رو شها: آغازگرها و پروب توسط نرم افزارهای بیوانفورماتیکی برای یک ناحیه 199 جفت بازی برای ژن INT HIV-1 طراحی شد. استانداردهای مورد<br> استفاده برای تعیین حساسیت آنالیتیکی با استفاده از RNA های حاصل از رونویسی در آزمایشگاه تهیه شد. همچنین برای بررسی اختصاصی آنالیتیکی از پایگاه Blast<br> و اختصاصیت کلینیکی با استفاده از پانل های ویروسی مختلف و نمونه ژنوم حاصل از افراد سالم استفاده شد.<br> یافته ها: این روش قادر به اندازه گیری حداقل 10 کپی از HIV-1 RNA در هر میلی لیتر است. علاوه بر این، آزمایش در محدوده 10 - 109 کپی در میلی لیتر خطی<br> است. با بررسی نمونه های منفی، ویژگی این روش 100 درصد می باشد. نتایج تکرارپذیری واکنش در سطح درون سنجی و بین سنجی بررسی شد برای این منظور<br> 9 تکرار از هر غلظت از نمونه کنترل در هر واکنش کاری مورد بررسی قرار گرفت.<br> نتیج هگیری: با توجه به سطح حساسیت و ویژگی مناسب، آنالیز سریع، کاربرد آسان و هزینه نسبتاً کم در مقابل کیت های مشابه، این روش م یتواند برای<br> تشخیص موثر ویروس HIV-1 مناسب باشد. همچنین می توان آلودگی به ویروس را قبل از تغییرات سرمی و ظهور آنتی بادی ها در خون تشخیص داد و دوره پنجره<br> عفونت را کوتا هتر کرد. Background: Human Immunodeficiency Virus Type 1 (HIV-1) is one of the most important blood-borne<br> infectious viruses that are considered a global problem, thus it is important to diagnose it with high accuracy<br> and sensitivity. Serologic methods do not adequately detect this infection. Therefore, the purpose of the<br> present study was to design a sensitive method based on TaqMan Real-time PCR method for diagnosis of<br> HIV-1.<br> Materials and Methods: Primers and probes were designed using bioinformatics softwares for a region of<br> 200 pairs of HIV-1 INT gene. The sequence was cloned into T/A cloning vector and in-vitro RNA transcription<br> was performed to prepare standards for analytical sensitivity assay. To determine the analytical specificity,<br> NCBI BLAST and different viral and bacterial samples were used. Clinical specificity was determined using<br> negative plasma samples.<br> Results: The method introduced was able to detect as low as 10 copies of HIV-1 RNA/ml. Furthermore, it<br> was linear in the range of 10-109 copies/ml. By examining the negative samples, the specificity of this method<br> was determined to be 100%. Intra- and Inter-assay results ranged from 0.3% to 2.5% and 0.7% to 4.5%,<br> respectively, that showed high reproducibility of the assay.<br> Conclusion: Due to proper sensitivity and specificity, rapid analysis, being user-friendly, and relatively<br> low cost, as compared with commercial kits, the method introduced in the present study can be suitable to<br> accurately diagnose HIV-1 virus. Applying this in-house Real-time PCR assay, viral infection can also be<br> detected before seroconversion and appearance of bloodstream antibodies, which can reduce window period<br> of this infection. ویروس نقص ایمنی انسانی نوع 1, TaqMan Real-time PCR, ژن INT, بار ویروس. HIV-1, TaqMan Real-time PCR, INT gene, quantification, viral load 182 188 http://pejouhesh.sbmu.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-2281-1&slc_lang=fa&sid=1 Hassan Nourbazargan حسن نوربازرگان h.noorbazargan@gmail.com 100319475328460029185 100319475328460029185 No Alireza Nadji علیرضا ناجی sarnadji@yahoo.com 100319475328460029186 100319475328460029186 No دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی Siamak Mirab Samiee سیامک میراب سمیعی siamaksamiee@gmail.com 100319475328460029187 100319475328460029187 No Mahdi Paryan مهدی پریان mparyan@gmail.com 100319475328460029188 100319475328460029188 No Samira Mohammadi-Yeganeh سمیرا محمدی یگانه smyeganeh@gmail.com 100319475328460029189 100319475328460029189 Yes