جلد 50، شماره 1 - ( 3-1405 )
جلد 50 شماره 1 صفحات 0-0 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Ethics code: IR.IAU.SHK.REC.1404.176
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Haghshenas S, Peymani M. Evaluation of TENT4A and TENT4B Genes in Colorectal Cancer: Signaling Pathway Analysis and Expression Evaluation in Cell Lines. Research in Medicine 2026; 50 (1)
URL: http://pejouhesh.sbmu.ac.ir/article-1-3521-fa.html
URL: http://pejouhesh.sbmu.ac.ir/article-1-3521-fa.html
حق شناس ساناز، پیمانی مریم. ارزیابی ژن‌هایTENT4A وTENT4B در سرطان کولورکتال: تحلیل مسیرهای سیگنالینگ و بررسی بیان در رده‌های سلولی. پژوهش در پزشکی. 1405; 50 (1)
گروه زیست‌شناسی، واحد شهرکرد، دانشگاه آزاد اسلامی، شهرکرد، ایران. ، m.peymani@iau.ac.ir
چکیده: (28 مشاهده)
سابقه و هدف: سرطان کولورکتال (CRC) یکی از شایع‌ترین بدخیمی‌ها در جهان است و شناسایی نشانگرهای زیستی مولکولی جدید برای تشخیص زودهنگام و پیش‌بینی سیر بیماری از اهمیت بالایی برخوردار است. ژن‌هایTENT4A وTENT4B از خانواده پلی(A) پلیمرازهای غیرکانونیک هستند که در تنظیم پایداری RNA و کنترل ترجمه نقش دارند. هدف این مطالعه بررسی الگوی بیان این ژن‌ها و تحلیل مسیرهای سیگنالینگ مرتبط با آن‌ها در سرطان کولورکتال بود.
روش کار: این پژوهش یک مطالعه توصیفی بود. داده‌های RNA-Seq بیماران مبتلا به سرطان کولورکتال از پایگاه The Cancer Genome Atlas (TCGA) استخراج شد. ژن‌های دارای بیان تفاضلی (Differentially Expressed Genes; DEGs)، یعنی ژن‌هایی که اختلاف معنی‌دار بیان بین نمونه‌های توموری و طبیعی داشتند، با استفاده از بستهedgeR شناسایی شدند. سپس تحلیل غنی‌سازی مسیرهای زیستی با استفاده از پایگاه‌های KEGG و MSigDB انجام شد. ارتباط بیان ژن‌ها با بقای بیماران و ارزش تشخیصی آن‌ها به‌ترتیب با آزمون Kaplan- Meier، رگرسیون کاکس و منحنی ROC بررسی شد. همچنین، سطح بیان ژن‌های TENT4A وTENT4B در رده‌های سلولی HT29 و HCT116 نسبت به سلول HEK293 با روش Real-Time PCR ارزیابی شد.
یافته‌ها: در مجموع 4558 ژن دارای بیان تفاضلی شناسایی شدند .(FDR<0.05)ژن‌هایTENT4A وTENT4B افزایش بیان معنی‌داری نشان دادند، در حالی که ژن‌های TENT5A،TENT5B وTENT5C به‌طور معنی‌داری کاهش یافته بود(FDR<0.05). تحلیل غنی‌سازی، ارتباط معنی‌دار این ژن‌ها را با مسیرRNA degradation نشان داد .(adjusted P=0.00015)افزایش بیانTENT4A با کاهش بقای بیماران همراه بود (Log-rank P<0.05) و توان تشخیصی بالایی داشت (AUC=0.87)، .(P<0.0001)در حالی کهTENT4B دارای قدرت تشخیصی متوسط بود (AUC=0.72)، (P=0.01) . همچنین نتایج Real-Time PCR افزایش معنی‌دار بیان این ژن‌ها را در رده‌های سلولی سرطان کولورکتال نسبت به سلول نرمال نشان داد .(P<0.05)
نتیجه‌گیری: به نظر می رسد کهTENT4A می‌تواند به عنوان یک بیومارکر بالقوه تشخیصی و پیش‌آگهی‌دهنده در سرطان کولورکتال مطرح باشد و در کنار شواهد موجود، هدف مناسبی برای مطالعات عملکردی و توسعه راهکارهای درمانی هدفمند در آینده محسوب شود.
روش کار: این پژوهش یک مطالعه توصیفی بود. داده‌های RNA-Seq بیماران مبتلا به سرطان کولورکتال از پایگاه The Cancer Genome Atlas (TCGA) استخراج شد. ژن‌های دارای بیان تفاضلی (Differentially Expressed Genes; DEGs)، یعنی ژن‌هایی که اختلاف معنی‌دار بیان بین نمونه‌های توموری و طبیعی داشتند، با استفاده از بستهedgeR شناسایی شدند. سپس تحلیل غنی‌سازی مسیرهای زیستی با استفاده از پایگاه‌های KEGG و MSigDB انجام شد. ارتباط بیان ژن‌ها با بقای بیماران و ارزش تشخیصی آن‌ها به‌ترتیب با آزمون Kaplan- Meier، رگرسیون کاکس و منحنی ROC بررسی شد. همچنین، سطح بیان ژن‌های TENT4A وTENT4B در رده‌های سلولی HT29 و HCT116 نسبت به سلول HEK293 با روش Real-Time PCR ارزیابی شد.
یافته‌ها: در مجموع 4558 ژن دارای بیان تفاضلی شناسایی شدند .(FDR<0.05)ژن‌هایTENT4A وTENT4B افزایش بیان معنی‌داری نشان دادند، در حالی که ژن‌های TENT5A،TENT5B وTENT5C به‌طور معنی‌داری کاهش یافته بود(FDR<0.05). تحلیل غنی‌سازی، ارتباط معنی‌دار این ژن‌ها را با مسیرRNA degradation نشان داد .(adjusted P=0.00015)افزایش بیانTENT4A با کاهش بقای بیماران همراه بود (Log-rank P<0.05) و توان تشخیصی بالایی داشت (AUC=0.87)، .(P<0.0001)در حالی کهTENT4B دارای قدرت تشخیصی متوسط بود (AUC=0.72)، (P=0.01) . همچنین نتایج Real-Time PCR افزایش معنی‌دار بیان این ژن‌ها را در رده‌های سلولی سرطان کولورکتال نسبت به سلول نرمال نشان داد .(P<0.05)
نتیجه‌گیری: به نظر می رسد کهTENT4A می‌تواند به عنوان یک بیومارکر بالقوه تشخیصی و پیش‌آگهی‌دهنده در سرطان کولورکتال مطرح باشد و در کنار شواهد موجود، هدف مناسبی برای مطالعات عملکردی و توسعه راهکارهای درمانی هدفمند در آینده محسوب شود.
واژه‌های کلیدی: سرطان کولورکتال، TENT4A، TENT4B، RNA-Seq، بیان تفاضلی ژن، TCGA، تخریت RNA، بیومارکر مولکولی
نوع مطالعه: پژوهشی |
موضوع مقاله:
علوم سلولی( سلولی مولکولی، سلول های بنیادی)
دریافت: 1404/12/3 | پذیرش: 1405/5/11 | انتشار: 1405/7/25
دریافت: 1404/12/3 | پذیرش: 1405/5/11 | انتشار: 1405/7/25
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
This Journal is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License | Research in Medicine
Designed & Developed by : Yektaweb